日本短尾猫被毛有六种颜色，分别为黑色，红色，白色，黑白色，红白色或者是玳瑁色加白色，最受欢迎的品种是玳瑁色加白色的日本短尾猫，被认为是大吉大利。日本短尾猫具有独特的东洋五官，体毛十分光滑，所有的毛色均获得认可。

日本短尾猫的被毛护理非常简单，只要你每天拨出一点时间，把日本短尾猫抱在怀里，用温暖的手轻柔地抚摸日本短尾猫，就是对它最好的护理，因为这样可以帮助它传递被毛所需要的油脂，使日本短尾猫的被毛更加亮泽。