三花猫一般都是母猫，虽然也有公猫，但比较稀少，且公的三花猫一般不具备生育能力。

三花猫的颜色基本都是由黑、橘、白组合，具体毛色分布不一，这是由于猫咪的38条染色体中，控制猫咪性别的染色体有X染色体和Y染色体，X染色体呈现黑色或橘色且唯一，Y染色体则没有颜色，白色则为猫咪本身的显性颜色。

幼猫继承父母的基因，染色体如果为XX，则为母猫，其毛色可能为橘+黑+白；而XY则为公猫，即一般仅表现出黑色或橘色+白色，公猫出现三色的几率，是染色体异常而产生，这也是为什么三花公猫具有先天缺陷的原因。