三花猫不一定都是母猫，只是三花公猫非常稀少。三花公猫存在天生的基因缺陷，它们都患有克氏综合征，体内有两条X染色体，这种基因缺陷发生在猫咪身上的机率是非常小的，所以三花公猫是非常稀有的。

三花猫的基因中只有橘色和黑色，白色为显性基因，也就是白色为底色，而橘色和黑色就是基于白色，补充在三花猫身上的。而控制三花猫毛色的基因存在于猫咪的XY染色体上，而正好这对染色体还是决定性别的一对染色体，称之为性联基因，又叫伴性遗传。