折耳猫大多有骨骼遗传病，这种遗传病叫做软骨骨质化发育异常，但是不是每只折耳猫都会发病，通常情况下，折耳猫会在2-6月龄出现遗传病病发症状，主要表现为各个和关节发育异常，脚骨畸形、尾巴僵硬、行走困难等症状，部分折耳猫可能会在1岁以后才发病，但有的折耳猫也可能终身不会发病。

除了骨骼遗传病之外，折耳猫因为基因问题，本身体质就比其他猫咪更弱一些，所以更容易患上皮肤病、呼吸道疾病以及心脏病等。