边境牧羊犬的毛色主要有黑白，黄褐色，以及棕色，酒红， 等几种颜色。这些颜色中，黑白颜色是一种最常见的颜色，通常情况下也是很受欢迎的一种颜色。

夹杂黄色的边境牧羊犬很明显的是一种和其他的牧羊犬杂交产生的品种毛色，但是也有很多人喜爱。酒红的等颜色是一种十分稀有的颜色，这种颜色牧羊犬因为市场存量比较少，通常的情况下也是有价无市。