柴犬公犬的生殖器官由睾丸、输精管、副性腺、阴茎等组成。睾丸，犬的睾丸较小，呈椭圆形，是产生精子和雄性激素的器官。在繁殖期，睾丸嘭大，富有弹性，功能旺盛，能生产出大量精子。在乏情期，睾丸变小而硬，无繁殖能力。雄性激素的作用是促进生殖器官的发育、成熟、维持正常的生殖活动。

柴犬母犬的生殖器官，卵巢位于第三或第四腰椎的腹侧，肾脏的后方，呈长卵圆形，稍扁平，是产生卵子和雎性激素的器官。性成熟后的母犬，每到发情期就有一批卵子成熟、排出，如遇精子，即可受精、怀孕。