柴犬毛色分为：赤、黑、白、胡麻四种。柴犬较为常见的颜色依次为赤色（或者叫：橙黄色、土黄色）、黑色、白色、胡麻色（芝麻色），分别被称为赤柴、黑柴、白柴、胡麻柴。
在大正时代日本犬保护活动开始的时候，由于以毛色为赤色的猎犬的血统保护为重点。赤色也是在山中最不显眼的毛色，因此猎户也喜欢用赤色的猎犬。
