训练法兰德斯畜牧犬保护主人的方法如下：

1、主人将法兰德斯畜牧犬拴在一个固定物上，然后站在距犬两米左右的位置，由一名助训员过来做假打主人的动作。此时，如法兰德斯畜牧犬能主动向攻击主人的助训员吠叫示威，助训员则要假装害怕逃跑以增强犬的自信心，而主人也要及时上前奖励自己的爱犬，必要时放犬扑咬助训员(提前穿戴好暗护袖)以加强奖励效果和适应实际的需要。

2、法兰德斯畜牧犬对助训员假打主人的动作没有反应，助训员应立即停止假打主人的动作，而改变为假打犬。当犬在助训员假打动作的挑引下，会表现出强烈的吠叫和扑咬欲望，这时，助训员则假装害怕逃跑，主人要立即上前奖励爱犬，必要时放犬扑咬。

3、如此反复训练，法兰德斯畜牧犬就会明白：别人打我主人也就是打我的信号。因此，当犬一看到主人被别人袭击时，就会主动扑咬对方。当法兰德斯畜牧犬具备上述能力后，就要由拴系训练过渡到自由状态下进行训练，但要提前给犬戴上口笼，以防咬伤助训员。