二代柯基的缺陷可能包括以下几个方面：

遗传性疾病：柯基是一种易造成遗传性疾病的犬种，而在二代柯基中尤为明显。随着基因的不断混合，二代柯基往往有着更多的混合基因，其中有一些基因可能存在缺陷，这就导致了二代柯基更加容易患上一些疾病。常见的健康问题包括皮肤过敏、眼睛疾病、晶状体脱位、肢体麻痹等等。

过度繁殖：由于柯基犬的受欢迎程度较高，因此存在过度繁殖的情况。这可能导致犬只的遗传多样性减少，增加了患遗传性疾病的风险。

饲养问题：由于柯基犬的体型较大，需要更多的运动和活动空间。如果饲养条件不佳，缺乏足够的运动和活动，可能会导致柯基犬出现行为问题、肥胖等问题。