双色柯基和三色柯基主要在以下几个方面存在差异：

1.颜色：双色柯基的毛色多为黄白两种颜色，而三色柯基的毛色多为黑黄白三种颜色，并且还有可能出现黑色、棕色等深色。

2.头部特征：双色柯基的头部特征比较明显，其头部中央的白色条带比较细，且平直，宽度适中。而三色柯基的头部特征则比较复杂，有些三色柯基的头部中央的白色条带比较宽，且弯曲，甚至有些三色柯基没有白色条带。

3.躯体特征：双色柯基的躯体颜色多为淡黄色或乳白色，并且颜色分布均匀，整体呈现黄白相间的特点。而三色柯基的躯体特征则比较复杂，其颜色分布不均匀，通常在背部、腿部等部位出现深色的毛发，整体呈现黑黄白相间的特点。

4.性格特征：双色柯基和三色柯基的性格特征也存在差异。双色柯基的性格比较温和，适合在室内饲养；而三色柯基的性格则比较凶猛，适合在室外养殖。