圣伯纳犬的根源可以追溯到1000年前，但确切来源还尚未确定。有一些历史记载写着，圣伯纳犬是由罗马军队带到瑞士的獒犬杂交出来的。后来，瑞士阿尔卑斯山区圣伯纳修道院的僧侣饲养一大批圣伯纳犬，用来寻找或守护那些登山的人们。几个世纪以来，几千人在阿尔卑斯山走丢或受伤，全靠圣伯纳犬强大的嗅觉挽救了他们的生命。

到了19世纪，圣伯纳犬由于疾病导致数量逐渐下降，甚至一度灭绝。为了让狗狗能够在恶劣的环境生存，僧侣们开始让圣伯纳犬与纽芬兰犬杂交，并培育出了长毛的圣伯纳犬。结果，狗狗的长长的毛发反而被冰冻住了，并且过于笨重，使得狗狗无法在雪地快速行走，因此僧侣们又放弃了那些毛发较长的圣伯纳犬。后来，育种专家Heinrich schumacher尽毕生之力，又将圣伯纳犬还原成了短毛犬，并将它们送往了世界各地，掀起了一股圣伯纳犬热潮。