苏格兰牧羊犬的眼畸形主要表现为眼睛的发育不完全，不分粗毛或细毛，这种缺陷表现为没有完全发育好的脉络膜，视盘或与其相连接的区域，巩膜的某些区域变薄，视网膜脱落当这些畸形发生的时候，在临床上表现为视力减弱或完全的失明，多数患有眼畸形的苏格兰牧羊犬，不表现眼睛视力的异常。

在胚胎阶段，虹膜先形成象硬核状的中胚层。在妊娠的后期萎缩形成了瞳孔，在某些动物中如果发现这些中胚层的细丝条，我们就称作永久性瞳孔膜，经常可以在6-8周龄的幼犬见到这些细丝，但是超过新生儿期就认为是一种缺陷了。

在6-8周的幼犬，如果这些细丝非常大或存在超过12周，这就应该在纪录本上记载了，在苏格兰牧羊犬身上这种疾病很常见。

进行性视网膜萎缩是用来形容一类遗传性的视网膜的疾病。特征是锥状和杆状细胞发育不全或进行性视网膜萎缩在苏格兰牧羊犬，发育不全指的是某一特定的组织，在这类病中，锥状细胞和杆状细胞都发育不良。