阿拉斯加犬的眼睛颜色主要有蓝色、棕色、鸳鸯眼(即一只眼睛为蓝色,另一只为棕色)等几种。
其中,浅蓝色眼色是一种普遍的眼色,但也有少数例外。虹膜异色症也较为普遍,即一只狗的一只眼是棕色或浅褐色,而另一只眼却是蓝色的。