狗嘴长了菌性毛囊炎，处理的方法主要包括以下几个方面：

首先，带狗狗去兽医处进行专业检查，以确定感染的具体菌种和病情严重程度。兽医会根据检查结果开具适当的治疗方案，包括药物治疗和护理建议。

其次，按照兽医的建议使用抗真菌药物。这些药物可以帮助杀灭引起毛囊炎的真菌，减轻炎症和感染。务必遵循兽医的指导，按时给狗狗服药，并注意观察狗狗的病情变化。

同时，保持狗狗嘴边皮肤的清洁和干燥。定期使用温和的宠物专用清洁产品为狗狗清洁嘴边皮肤，避免使用刺激性的化学物质。清洁后，用干净的毛巾轻轻擦干水分，确保皮肤处于干燥状态，以防止真菌滋生。

此外，避免狗狗抓挠或舔舐患处，以防止感染扩散或加重。可以给狗狗戴上伊丽莎白圈，以减少它舔舐嘴边皮肤的行为。

在治疗期间，注意给狗狗提供均衡的饮食，增加营养物质的摄入，如维生素、矿物质等，以增强狗狗的免疫力，有助于康复。