折耳猫由于遗传缺陷，存在特定的健康问题。最容易发生的健康问题是与耳朵相关的疾病，如耳廓发炎、感染和耳道堵塞等。这些问题通常在折耳猫约4至6个月的年龄段开始出现。

由于折耳猫的特殊耳朵形态，耳道的通气性较差，容易积聚灰尘和湿气，从而导致感染。因此，主人需要定期检查折耳猫的耳朵，并遵循兽医的建议进行清洁和护理，以避免或及早治疗耳部相关的健康问题。