澳大利亚牧牛犬的毛色有两种公认的皮毛颜色，赤色和蓝色。巧克力和奶油被认为是不合格的。蓝色的狗可以是蓝色，蓝色斑纹或者有棕黄色的腿部和胸部的蓝色斑点，头部一侧或两侧有白色花斑和黑色斑块或脸。有时在身体上也会出现黑色斑块。赤色的狗均匀地散布着上纯赤色的斑块·，类似于蓝色的狗，在头的一侧或两侧有棕色（赤色）斑块“脸”，有时也在身体上。

赤色和蓝色的狗出生时都是白色的（除了身体或面部的任何纯色的花斑），随着它们的生长发育，赤色或黑色的毛发从大约在4周左右开始出现。独特的成年色彩是由于黑色或赤色的毛发紧密地散布在以白色为主的皮毛中而形成的。

除了主要颜色外，澳大利亚牧牛犬还显示出一些纯色或接近纯色的斑块。无论赤色和蓝色的狗中，最常见的是一只或两只眼睛上的脸，尾巴上的白色尖端，尾巴底部的纯色斑点以及有时在身体上的纯色斑点，尽管这些在为了结构展示而繁殖的狗是不可取的。